Los programas fuentes de MINIX están distribuidos en varios directorios con ficheros de código y de encabezamiento. Directorio /usr/src/
Directorios
 | boot - ficheros boot |
| commands - fuentes de los comandos del sistema |
| etc - ficheros del administrador |
| fs - sistema de ficheros |
| inet - red |
| kernel - núcleo |
| lib - librerías |
| mm - manejador de memoria |
| test - test para verificar MINIX |
| tmp - vacio |
| tools - herramientas para construir MINIX |
Ficheros .ashrc, .ellepro.b1, .ellepro.e, .exrc, .profile, LICENSE, Makefile, crclist